在适用我国刑法有关上述刑事管辖的规定时，不可避免地会遇到管辖冲突的问题。这种管辖冲突主要发生在对跨国犯罪或国际犯罪进行管辖时。管辖冲突包括事实上的管辖冲突和法律上的管辖冲突。
(一)事实上的管辖冲突
我国公民在我国领城外犯那，应受我国刑法周人件辅权的管辖;外国公民在我国领域外对我国国家成者公民犯罪，也应受我国刑法保护管辖权的管辖，但同时他们也受犯罪地所在国的属地管制权的管轴或者受犯罪人所在国的属人管辖权的管辖，有的甚至已经被按照犯罪地国或犯罪人国的法律加以审判处罚了。这不仅是刑事管辖权的冲突问题，也是对外国审判是否认可的问题，更是一个国家主权的问题。对此，我国《刑法》第10条明文规定:“凡在中华人民共和国领域外犯罪，依照本法应当负刑事责任的，虽然经过外国审判，仍然可以依照本法追究。但是在外国已经受过刑罚处罚的，可以免除或者减轻处罚。”该条规定表明，我国是一个独立自主的主权国家，有其独立的刑事审判权，不受外国审判效力的约束，不能因为犯罪行为已受外国审判，我国就放弃对该犯罪的管辖权，即使犯罪行为已受外国审判，我国仍然保留刑事管辖权。当然，考虑到犯罪分子已经受过刑罚处罚的实际情况，我国《刑法》规定，“可以免除或者减轻处罚”。该条所规定的“经过外国审判”，是指经过了外国法院的审理，并已作出了生效判决。其判决内容既包括外国法院判决无罪的，也包括判决有罪的;既包括给予刑事处罚的，也包括免予刑事处罚的。该条所规定的“可以依照本法追究”，是指对犯罪分子由我国司法机关根据我国刑法的规定和案件的具体情况，可以追究其刑事责任，也可以不于追究。也就是说，要不要实际追究犯罪分子的刑事责任，由我国司法机关根据我国的需要来决定。
(二)法律上的管辖冲突
当某一犯罪既为我国刑法所规定，可以适用《刑法》第6-8条分别规定的属地原则、属人原则和保护原则，又为国际条约所规定，可以适用我国《刑法》第9条规定的普遍管辖原则时，如发生在我国领空的劫持航空器的犯罪，属地原则等与普遍管辖原则就有可能发生冲突。解决这一管辖冲突的原则是优先适用属地原则等。这是因为:(1)该行为是我国刑法规定的犯罪行为，按照国家司法主权原则，当然就应优先适用我国刑法的规定;(2)在这种情况下，优先适用我国刑法，既直接便利，又节约资源。
